除了在用户体验上，如果不及时的清洗太阳能热水器还会降低太阳能热水器的传热效率，甚至热能转换效率会失效，水垢的积累还会导致微生物和的滋生和增长，会导致皮肤病的产生。若水垢过厚则会导致真空管内的热量难以散发，甚至有爆裂危险。因此用户需要注意，养成定期太阳能热水器清洗的习惯。
磁化除垢法：磁化法水处理是使水流通过一个磁场，然后再流入管道或太阳热水器系统，经过磁力线切割后，水中的钙镁盐类不能结垢或不能结成坚硬的水垢，而是形成微小的颗粒，随水流动。磁化除垢是通过磁化方式将已有的水垢清除的过程。磁化除垢的机理有两个方面：一方面是在磁力作用下，水垢晶体发生极化，降低了水垢的稳定性，使得水垢被不断地溶解，被水流冲走。
变频共振除垢法：变频除垢器能自动产生一种变频化的电信号，作用于太阳热水器系统的进水管上，引起管道内水分子产生共振，使氢键结合的水分子团变成单个的极性分子，因而提高水的活性。极微小的水分子可以渗透、包围、溶解、去除热水器系统内的老垢，同时使悬浮在水中的钙离子和碳酸根离子相互碰撞，形成其表面无电荷的纹石碳酸钙晶体，不能吸附在管道上，从而达到除垢、防垢的目的。
长时间以来，我们忽略了对太阳能的清洗，由于水质要素，致使许多的水垢和水锈堆积其间。大大降低了太阳能的功率和热效率，浪费能量达1/3以上，由于长时间积存水垢，不只浪费动力，而且还构成不风险，水垢致使受热不均构成炸管，堵塞管道，水循环减速，水温降低。具科学研究证明，水垢主要成分为钙，镁化合物，其他还富含多种有害的汞，镉，铅，砷等有害人体的元素。